La historia se remonta a mediados del siglo XVlll. Narra la vida de Jean Baptiste Grenouille (Ben Whishaw), un joven cuyo paso por la Tierra comenzó y finalizó en tragedia. Jean Baptiste, quien nació entre los hedores de Francia al lado de una pescadería, tuvo que presenciar el abandono de su madre a temprana edad. Con la ayuda de las autoridades, el pequeño fue recibido en un orfanatorio, pero su conducta extraña le provocó problemas en los institutos, por lo que constantemente fue trasladado a hospicios distintos. A los niños y adultos les parecía horrendo e inquietante que el joven no produjera un olor natural. Jean Baptiste creció en un ambiente hostil, nadie le quiso por su disimilitud, pero sólo él conocía su secreto, tenía un sentido del olfato extraordinario que le ayudaba a percibir cualquier olor a kilómetros de distancia. Con tan sólo veinte años, Jean comenzó a ganarse la vida con su don, luego de trabajar en una destilería, fue reclutado por el perfumista Giuseppe Baldini (Dustin Hoffman) para laborar como su ayudante. Baldini tenía una inquietud, quería destilar el olor de objetos como el metal y madera. Pronto instruyó al chico sobre todo el proceso para hacer perfumes de alta calidad. El huérfano comenzó a desarrollar habilidades para trabajar sus propias esencias, pero pronto originó una obsesión por el aroma que despedían las mujeres de su aldea, y esta pasión lo llevó a convertirse en un asesino en serie.